La producción ecológica debe respetar los sistemas y ciclos naturales. La producción sostenible se debe alcanzar, en la medida de lo posible, mediante procesos de producción biológicos y mecánicos, a través de la producción vinculada a la tierra y sin usar organismos modificados genéticamente (OMG).
En agricultura ecológica se prefieren los ciclos cerrados, mediante el uso de recursos internos, a los ciclos abiertos, donde se utilizan recursos externos. Los recursos externos deberían limitarse, idealmente, a los ecológicos provenientes de otras granjas ecológicas, materiales naturales u obtenidos mediante procesos naturales; y a fertilizantes minerales de baja solubilidad. Sin embargo, en casos excepcionales, se pueden permitir los recursos sintéticos químicos en el caso de que no sea posible la utilización de otras alternativas más apropiadas. Estos recursos son aprobados e incluidos en las listas positivas en el Anexo del Reglamento de la Comisión tras haber superado una exhaustiva investigación por parte de la Comisión y de los Estados Miembros.
Los alimentos podrán ser etiquetados como «ecológicos» sólo si al menos el 95% de sus ingredientes agrícolas han sido producidos de manera ecológica. Los ingredientes ecológicos en alimentos no ecológicos podrán ser incluidos como tales en la lista de ingredientes, siempre y cuando este alimento haya sido producido de acuerdo a la legislación ecológica. Con el fin de asegurar una mayor transparencia, se deberá indicar el número de código del organismo de control.
El uso de organismos modificados genéticamente (OMG) y de productos confeccionados a partir de OMG sigue estando prohibido en la producción ecológica. Los productos que contengan OMG no pueden ser etiquetados como ecológicos a no ser que los ingredientes que contengan OMG hayan sido incorporados al producto de manera no intencionada y que la proporción de OMG en el ingrediente sea menor del 0,9%.